Lambang sekolah terdiri atas unsur yang berbentuk absolut dan relatif yang mengisyaratkan:
- Bunga teratai yang mekar berdaun lima helai melambangkan pendidikan yang dijalankan berlandaskan dasar Negara Indonesia Pancasila.
- Burung hantu yang memegang buku terbuka melambangkan pendidikan dan menjelaskan bahwa buku merupakan jendela dunia
- Obor menyala dibawah burung hantu melambangkan dalam belajar harus dengan semangat yang tinggi
- Disekitar lingkaran yang membentuk gradasi warna bertuliskan SMP 2 TEMON Kulonprogo Yogyakarta menunjukkan identitas sekolah.
Lambang sekolah memancarkan warna:
- Warna putih pada lapisan lingkaran terluar melambangkan bahwa dalam menuntut ilmu didasarkan pada niat hati yang tulus dan suci.
- Gradasi warna biru, biru tua, dan biru muda melingkar melambangkan tingkatan kelas yang harus ditempuh dalam jenjang pendidikan sekolah menengah pertama merupakan suatu satu kesatuan yang artinya, setiap tingkatnya harus ditempuh satu persatu.
- Warna merah pada obor melambangkan semangat yang membara.